十二月十二日，双方激战依旧，雨花台、紫金山一线牢牢挡住了日军的进攻。日军向中抗联盟军第二、三纵队连续发动攻击，付出惨重伤亡却依然在原地踏步，被死死的钉在雨花台、紫金山一线。日第六师团左翼部队之一部沿长江东岸北进，在上新河碰上国军守军宪兵教导二团的一个营，双方随即展开激战。国军士兵们经过苦战，还是没能顶住日军的疯狂进攻，全营战至只剩下十六人，无奈撤退。日军占领了水西门外的棉花堤阵地。唐生智命孙元良的第八十八师的一个旅火速增援，经过半天苦战，夺回了阵地，巩固了雨花台阵地的侧翼安全。
十二日下午，日军见久战未果，丧心病狂全面使用毒气弹跟燃烧弹。中抗联盟军准备充分还好一点，损失较小，而国军部队却遭受了重大损失，部队伤亡惨重。中抗联盟军在下午又击退鬼子的多次进攻，鬼子愤怒异常却毫无办法。国军在南京东面防线因阵地上被毒气弹跟燃烧弹攻击，死伤无数，不得已又向内收缩防线。
在这种情况下，晚上八点唐生智总司令长官召集师以上高级将领开会，姚远、巫刚也应邀出席。唐生智在会上宣布全军撤退计划，部署撤离南京的作战目标。
姚远见计划上没安排中抗联盟军，就问唐生智：“唐总司令，那我们从哪突围？”唐生智回答：“贵军就自行安排吧。”姚远跟巫刚使了个眼色，告辞出来。“看来他们是不管我们啦！还把时间给提前了。”巫刚郁闷的说道：“我俩给他们顶着，他们也没怎么打，还可打上几天哪！他们怎么就想逃命，还有好多百姓没出去哪。他们不是有几部从紫金山向南突围么，那我们作好准备跟在他们后面好了。”“看来只能这样了，我回去电告秦总。”姚远点头同意。姚远回到二纵给秦风发电报，告知突围计划，并让人通知郑铎让其在明天晚上跟自己汇合撤退。
可计划看上去很周密，国军里面的高级将领在得知撤退计划后打起了小九九，有几位回到驻地就把指挥权交给副手，自己则溜到下关先行登船逃跑。还有大多未按命令规定的时间开始撤退。
十三日，南京城内一片混乱。姚远及巫刚的中抗联盟军却还在抵抗日军的进攻。到了傍晚日军还没进展就收兵了，姚远及巫刚赶紧命令部队作撤离准备，第二纵队悄悄向紫金山一带靠拢。晚十一时，教导总队、六十六军、一零三师、一一二师自紫金山方向开始突围。大队人马冲击对面日军第十六师团阵地，一时慌乱过后，日军开始组只反击。双方一场混战，教导总队一马当先，国军士兵们在冲上去是死，不冲上去更是死路一条的信念之下，个个奋勇向前，真可谓前赴后继。半个多小时后，付出惨重代价的教导总队终于撕开了鬼子的一处防线，向纵深挺去。紧接而上的第六十六军迅速跟上，扩大战果，巩固俩翼，第一零三师、一一二师快速从缺口通过。
巫刚的第三纵队紧跟着国军第一一二师从撕开的阵第撤出。日军谷寿夫的第六师团听到紫金山一线枪声大作，马上意识到国军有可能在那边突围，调集两个大队从左翼赶去增援。而姚远正带大队人马从雨花台往紫金山方向快速行进，正好掩在日军屁股后面，自动步枪这时候发挥出巨大优势，一通狂射，日军懵了，死伤遍地。姚远命令不得恋战，将日军击溃即可，赶往紫金山附近跟上第三纵队。
这时的国军教导总队发挥出超常战斗力，一举突破日军第十六师团外围最后一道防线，冲出了日军的包围。水一开闸就再也关不上啦，国军第一零三师、一一二师跟着出来了，紧跟着巫刚的第三纵队、姚远的第二纵队，最后是第六十六军。除了教导总队战损较大外，其余部队伤亡均不重。一路向南狂奔，除了中抗联盟的两个纵队外，其他国军部队都散乱了。
再说南京城里下关码头，无数散兵，难民一片混乱，而日军的枪声越来越近，大家的心理已经完全崩溃，惊嚎不绝，纷纷趴着木头盆，门窗，木棍子等等一切的东西想要飘过滚滚长江。很快，日军第十六师团的先头部队第三十旅团第三十三联队冲到下关，和江面上的日本海军一起两面射击，射杀拥挤在下关和江面上的军民。
一九三七年十二月十四日，根据中国大本营的指示，唐生智在临淮关宣布南京卫戍司令长官部撤销，撤至江北的卫戍军部队改隶第三战区。南京保卫战基本结束。
而在此时，南京城内的屠杀还在继续，日军在南京城区及郊区对平民和战俘进行的长达六个星期的大规模屠杀、抢掠、强奸等战争罪行。据不完全统计，日军共杀害中国平民计二十万之巨。（由于提前开始撤离，比历史上少了十多万）
再说从紫金山地区突围的国军教导总队、第六十六军、一零三师、一一二师及中抗联盟军的第二、三纵队在休息一小时后，继续向南面前行。行至溧水附近，先头部队迎面碰上一支日军辎重联队，当时国军士兵们都已杀红了眼，没接上峰命令就冲了上去，跟鬼子干上了。人多势众，秋风扫落叶，不过半小时两次冲锋就把日军干个人仰马翻，全数歼灭。国军士兵们欢呼着带上鬼子的给养继续向南撤离，一路上再也没遇上鬼子。
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